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(1)引物長(zhǎng)度:由于PCR反應(yīng)的特異性、退火溫度以及時(shí)間均至少部分與PCR引物長(zhǎng)度相關(guān)聯(lián),因此引物長(zhǎng)度是PCR擴(kuò)增是否成功關(guān)鍵的因素。一般PCR引物長(zhǎng)度為15-30核苷酸。

(2)溶解溫度(Tm):因加熱而斷開(kāi)H鍵,梯度基因擴(kuò)增儀,使雙鏈DNA分開(kāi)或“溶解”為單鏈DNA。溶解溫度(Tm)即指使一半雙鏈DNA變?yōu)閱捂淒NA的溫度。Tm可采用下列公式計(jì)算:Tm=2(A+T) + 4(G+C)。
需注意PCR反應(yīng)至少有兩個(gè)(一對(duì))引物,兩個(gè)寡核苷酸引物Tm 值應(yīng)比較接近,不可差異過(guò)大。因有較高的Tm值的引物在較低的反應(yīng)溫度時(shí)可發(fā)生錯(cuò)配,基因擴(kuò)增儀,而引物Tm值較低,反應(yīng)溫度較高時(shí)則可能不能發(fā)生作用,因此如引物的Tm值差異較大,可導(dǎo)致PCR擴(kuò)增效率低下甚至擴(kuò)增失敗。
(3)引物序列互補(bǔ):設(shè)計(jì)引物時(shí)應(yīng)絕l對(duì)沒(méi)有3個(gè)堿基以上的內(nèi)引物配對(duì),如引物有這樣具有自我配對(duì)的區(qū)域,基因擴(kuò)增儀,“彈回”即部分雙鏈結(jié)構(gòu)將發(fā)生在退火反應(yīng)時(shí)。
(4)3’-末端序列:為控制引物錯(cuò)配,應(yīng)認(rèn)真地確定PCR引物中3’末端的位置。
PCR就是利用DNA聚合酶對(duì)特定基因做體外或試管內(nèi)In Vitro的大量合成,基本上它是利用DNA聚合酶進(jìn)行專一性的連鎖復(fù)制。PCR儀器溫度控制性能的影響因素:

一、PCR儀器之間的差別對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果的影響。如前所述,沒(méi)有任何兩臺(tái)PCR儀器的溫度控制是一模一樣的。相對(duì)于預(yù)設(shè)的溫度模塊溫度總是偏高或偏低,就是同一模塊不同的孔之間,溫度有時(shí)也會(huì)不一樣,相差可能達(dá)幾攝氏度之多。一些PCR儀溫度控制性能的不足造成的后果是:當(dāng)PCR儀的模塊溫度在升溫時(shí),溫度過(guò)沖或不足,不能準(zhǔn)確的達(dá)到預(yù)設(shè)的平臺(tái)溫度。
二、溫度控制技術(shù)的差別對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果的影響。導(dǎo)致PCR儀溫度控制性能優(yōu)劣的因素,首先是溫度控制技術(shù)。調(diào)節(jié)PCR儀模塊的溫度,使其達(dá)到并保持在某一溫度有很多方式。每一種方式都有優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn)。另外,這些技術(shù)被運(yùn)用控制的水平對(duì)于溫度控制的水準(zhǔn)是很重要的,且有很大不同。大多數(shù)PCR儀器的溫度控制性能是很差的。在單一或多傳感器控制機(jī)制上的不同顯而易見(jiàn)的引起了溫度的不均一性?! ?/p>
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