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水體中的總氮包括有機氮和無機氮。有機氮主要存在于各種有機細屑和魚類的中；無機氮指溶在水中的各種無機化合物中的氮，主要是三態(tài)氮：硝態(tài)氮、亞硝態(tài)氮和銨態(tài)氮。投餌網(wǎng)箱養(yǎng)殖的餌料利用率比較低、殘留量高，導致水體中含有大量的氮。有研究表明，用人工配合餌料每生產(chǎn)1kg魚，約有800g有機物、70g氮通過各種形式進入水體，導致水域富營養(yǎng)化。另外，養(yǎng)殖魚類也會分泌大量的氮，有關(guān)資料表明，每生產(chǎn)1t魚可向水體增加40kg溶解態(tài)氮。幾乎所有的研究結(jié)果都表明，網(wǎng)箱區(qū)的總氮一般都高于對照區(qū)。這可能是養(yǎng)殖對象攝食后的糞便和中無機氮堆積的結(jié)果。葉勇等分析了浙江象山港網(wǎng)箱養(yǎng)魚區(qū)的水質(zhì)變化規(guī)律，結(jié)果表明網(wǎng)箱內(nèi)NO3--N、NH4+-N、NH3-N全年平均值都明顯高于網(wǎng)箱外，有效氮含量在全年均嚴重超標，而且網(wǎng)箱內(nèi)的值一般高于網(wǎng)箱外，尤其是由養(yǎng)殖魚類排泄導致的NH4+-N和NH3-N更是如此；寧豐收等對大洪湖水庫網(wǎng)箱養(yǎng)殖區(qū)污染分析研究表明網(wǎng)箱區(qū)TN、NO3--N、NH4+-N、NO2--N都要高于對照區(qū)，另外網(wǎng)箱外側(cè)左右5m處的指標也都受網(wǎng)箱內(nèi)污染物擴散的影響，更接近養(yǎng)殖區(qū)水質(zhì)指標；蔡清海等對福建羅源灣網(wǎng)箱養(yǎng)殖區(qū)海洋生態(tài)環(huán)境研究表明，2004年大面積開展網(wǎng)箱養(yǎng)殖后羅源灣的海水中無機氮平均為0.292mg/L，是1991年的1.87倍。 總磷（TP） 在網(wǎng)箱養(yǎng)殖水域，散失的餌料和養(yǎng)殖對象的是投餌網(wǎng)箱養(yǎng)殖水體中磷的主要來源，高密度的投餌網(wǎng)箱養(yǎng)殖造成水體中磷濃度的增加。有關(guān)研究顯示，每生產(chǎn)出1t魚，水體中的磷負荷就增加約19.6~22.4kg，隨養(yǎng)殖對象的不同而有所差異。陳德春對投餌式網(wǎng)箱養(yǎng)魚對水質(zhì)的影響的研究結(jié)果表明，網(wǎng)箱區(qū)的總磷含量高于對照組；蔣增杰等在對唐島灣網(wǎng)箱養(yǎng)殖的研究表明網(wǎng)箱養(yǎng)殖使局部水體中磷增加；王大鵬等對西津水庫網(wǎng)箱養(yǎng)殖對水質(zhì)的影響研究表明，養(yǎng)殖區(qū)的無機磷和總磷分別是非養(yǎng)殖區(qū)1.25倍和1.67倍。 [3]