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Southern雜交

實(shí)驗(yàn)原理

? ? ? Southern印跡雜交（Southern blot）是1975年由英國(guó)人southern創(chuàng)建，是研究DNA圖譜的基本技術(shù)。Southern印跡雜交是進(jìn)行基因組DNA特定序列定位的通用方法。一般利用瓊脂糖凝膠電泳分離經(jīng)限制性內(nèi)切酶消化的DNAl片段，將膠上的DNA變性并在原位將單鏈DNAl片段轉(zhuǎn)移至尼龍膜或其他固相支持物上，經(jīng)干烤或者紫外線照射固定，基因組DNA提取實(shí)驗(yàn)公司，再與相對(duì)應(yīng)結(jié)構(gòu)的標(biāo)記探針進(jìn)行雜交，用放l射自顯影或酶反應(yīng)顯色，從而檢測(cè)特定DNA分子的含量。

免yi共沉淀（Co-IP檢測(cè)）是以抗ti和抗原之間的專一性作用為基礎(chǔ)的用于研究蛋白質(zhì)相互作用的方法。當(dāng)細(xì)胞在非變性條件下被裂解時(shí)，完整細(xì)胞內(nèi)存在的許多蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)間的相互作用也被保留下來。用預(yù)先固化在beads上的蛋白質(zhì)A的抗ti免yi沉淀A蛋白，那么與A蛋白在體內(nèi)結(jié)合的蛋白質(zhì)B也能一起沉淀下來，再通過蛋白變性分離，對(duì)B蛋白進(jìn)行檢測(cè)，進(jìn)而證明兩者間的相互作用。

外顯子測(cè)序

外顯子組測(cè)序（exome-seq）是對(duì)定向富集的基因組DNA進(jìn)行高通量測(cè)序，它能夠以相對(duì)低的費(fèi)用對(duì)人類外顯子組進(jìn)行拷問。2009年，外顯子組捕獲工具的出現(xiàn)，讓外顯子組測(cè)序這種技術(shù)迅速紅起來。到目前為止，已有超過1萬個(gè)外顯子組被測(cè)序。

如今有多家公司推出了外顯子組捕獲試劑，包括羅氏NimbleGen、安捷倫、Illumina，還有現(xiàn)在的華大基因。這些方法究竟孰優(yōu)孰劣，斯坦福大學(xué)醫(yī)學(xué)院遺傳學(xué)系的研究人員對(duì)市場(chǎng)上三個(gè)主流的外顯子組測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行了比較。該研究結(jié)果發(fā)表在《Nature Biotechnology》上。研究人員利用安捷倫、Illumina和NimbleGen的外顯子組測(cè)序平臺(tái)對(duì)同一個(gè)人類血液樣品進(jìn)行分析。他們的結(jié) 果表明，NimbleGen平臺(tái)作為一個(gè)使用高密度重疊探針的平臺(tái)，盡管覆蓋了較少的基因組區(qū)域，但在靈敏檢測(cè)小的變異時(shí)所需的測(cè)序量也少。在同樣獲得80M測(cè)序數(shù)據(jù)的情況下，NimbleGen有97%的目標(biāo)序列達(dá)到10x以上的測(cè)序深度，而其他產(chǎn)品只有90%。而安捷倫和Illumina的探針能夠在低密度下捕獲更多數(shù)量的變異。此外，Illumina還捕獲了未翻譯的區(qū)域，這是NimbleGen和安捷倫平臺(tái)無法靶定的。研究人員還比較了同一樣品的外顯子組測(cè)序和全基因組測(cè)序（WGS），顯示外顯子組測(cè)序能夠檢測(cè)到WGS錯(cuò)過的小變異。

除了文中提到了三個(gè)主流平臺(tái)，外顯子組捕獲方面的新產(chǎn)品也在不斷推出，研究人員的選擇也將更廣泛。羅氏NimbleGen即將推出新一代的外顯子液相捕獲產(chǎn)品。這一新產(chǎn)品將可捕獲64M的基因組序列，包括外顯子以及miRNA，它含與其他NimbleGen液相捕獲產(chǎn)品相同的2.1M高密度探針，以高xiao、均一、特異、的定向捕獲。

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